Lorenzo di Bonaventura, productor de las películas de Transformers, dijo que la salida de Megan Fox de Transformers 3 provocó varios cambios en el guión de la película, que ya estaba finalizado cuando Megan Fox abandonó Transformers 3, por tanto fue necesario un drástico cambio drástico del argumento.
No se sabe del cierto que ocurrió, pero la salida de Megan Fox parece que se debió a un fuerte desacuerdo entre ella y Michael Bay durante las primeras fases de rodaje, en las que se pudo vez a la actriz en localizaciones de rodaje de Los Ángeles.
Ahora Megan Fox afirma que fue ella la que decidió dejar Transformers y no cree que la tercera película sea un éxito.
Por su parte, el director Michael Bay afirmó que tenía pensado realizar una trilogía con Transformers y que después de esta tercera parte dejaría la saga, ya que tiene varios proyectos fuera de Transformers. En cambio, los productores no quieren dejar la rentable franquicia y afirman rotundamente que se rodará Transformers 4 aunque sea reiniciando la historia.
Durante estos días, el estudio ha confirmado oficialmente que el rodaje de Transformers 3 tendrá lugar directamente en 3D, debido a la negativa de Michael Bay a adaptar Transformers 3 a 3D en postproducción, aunque tampoco estaba a favor de rodar en 3D debido a las pesadas cámaras de rodaje en dicho formato.
